Viện Trần Nhân Tông là cơ sở đầu tiên trong hệ thống giáo dục quốc dân của Việt Nam tiên phong trong đào tạo nhân lực chất lược cao về Phật học. Công tác nghiên cứu khoa học của Viện lấy đối tượng nghiên cứu là văn hóa truyền thống và điểm nhấn là lịch sử và văn hóa đời Trần, đặc biệt là nhân vật Trần Nhân Tông và Phật giáo Trúc Lâm làm trọng điểm.

Viện Trần Nhân Tông đã và đang triển khai các nhiệm vụ NCKH dài hạn, trung hạn, hàng năm, bao gồm các chương trình nghiên cứu, hệ thống đề tài, đề án NCKH, các dự án đầu tư về khoa học công nghệ, tổ chức các hội nghị, hội thảo khoa học và các hoạt động khác có liên quan đến NCKH của cán bộ giảng viên, nghiên cứu viên và học viên); tổ chức ứng dụng các kết quả NCKH của Viện vào giảng dạy và học tập trong và ngoài Viện; chủ trì, phối hợp tổ chức các hội nghị, hội thảo khoa học; phát triển nhóm nghiên cứu chuyên sâu và các sản phẩm NCKH đặc trưng của đơn vị.

Lĩnh vực nghiên cứu khoa học và công nghệ của Viện Trần Nhân Tông có tính đặc thù và có tính liên ngành cao. Trong đó, Viện chủ trương hướng nghiên cứu vừa có tính lý luận, vừa có tính ứng dụng thực tiễn vào trong đời sống xã hội. Trong đó ba hướng nghiên cứu mà Viện Trần Nhân Tông có thế mạnh đó là:

• Kinh điển và triết học Phật giáo
• Lịch sử và văn hóa Phật giáo
• Phật giáo và các vấn đề đương đại

Thế mạnh và khả năng tích hợp liên ngành của các công trình nghiên cứu thuộc lĩnh vực khoa học công nghệ của Viện Trần Nhân Tông sẽ phát huy hiệu quả và ứng dụng vào trong thực tiễn đời sống văn hóa, xã hội, góp phần bảo tồn và phát huy các giá trị di sản văn hóa Phật giáo Trúc Lâm, giá trị văn hóa, tư tưởng thời nhà Trần và các vấn đề liên quan. Từ đó tư vấn chính sách về phát triển, bảo tồn và phát huy di sản, giá trị văn hóa Trần Nhân Tông và văn hóa truyền thống của dân tộc.